Колпашевский краеведческий музей создан на базе Нарымского окружного музея краеведения, организованного в с. Парабель в 1929 году благодаря деятельности административно-ссыльного, экономиста по специальности Бориса Арсеньевича Дмитриева и документально утвержденного Парабельским райисполкомом в апреле 1930 года. С 1932 года после отъезда Б.А. Дмитриева по окончании срока ссылки музеем заведовал ссыльный профессор Тверского педагогического института, специалист в области методики естествознания Леонид Николаевич Никонов.
Охота на мамонта
"Человек палеолита",
С.М. Караваев
В 1934 году после отъезда Л.Н. Никонова музей возглавил агроном Парабельского опытного поля Николай Викентьевич Биллевич. В 1935 г. музей получил название Нарымский окружной музей краеведения. Новый статус закреплял краеведческий профиль музея и придавал ему значимость научно-исследовательского учреждения, центра краеведческой работы в Нарымском округе. Руководство музеем было передано Петру Ивановичу Кутафьеву, бывшему директору Новосибирского краевого музея. Осенью 1936 г. музей был перебазирован из с. Парабель в административный центр Нарымского округа пос. Колпашево (с 1938 – город). В 1944 г. в связи с упразднением Нарымского округа музей приобрел статус городского, в 1958 – межрайонного, в 1963 стал филиалом, а 2014 – отделом ТОКМ.
Основу фондовых коллекций музея заложили археолого-этнографические экспедиции на р. Тым, осуществленные в 1938, 1940 годах под руководством П.И. Кутафьева (в состав экспедиций входили также К.И. Полежаев и фотограф И.С. Фатеев).
Эвенская вьючная сумка
Они и определили экспозиционную направленность. Так, селькупский культовый амбарчик с набором антропоморфных духов и прикладов, обнаруженный между юртами Пыль-Карамо и Лымбель-Карамо в верховьях Тыма, является одним из самых ярких элементов этнографической части экспозиции, а археологическая коллекция, скомплектованная П.И. Кутафьевым и насчитывающая более 3 тыс. единиц хранения, и поныне используется многими исследователями древней истории Сибири.