Тюрьма (с 1723)
С начала XVIII века крепость стала использоваться как политическая тюрьма. Первым знаменитым узником крепости стала сестра Петра I Мария Алексеевна (1718—1721), а в 1725 году здесь находилась в заключении Евдокия Лопухина, его первая жена.
Иоанн VI Антонович, император Российской империи, свергнутый во младенчестве Елизаветой I, содержался в Шлиссельбургской крепости с 1756 года и был умертвлён в 1764 году при попытке освобождения.
В 1798 году по проекту архитектора Патона был построен «Секретный дом», узниками которого в 1826 году стали многие декабристы (Иван Пущин, Вильгельм Кюхельбекер, братья Бестужевы и др.).
В 1869 году в крепости были размещены военно-арестантские роты. В 1881 году здесь находились дисциплинарный батальон и катерная матросская команда. Общее число заключённых нижних чинов достигало 411 человек. Прежняя секретная тюрьма была в то время приспособлена для 14 карцеров, в которые заключали провинившихся солдат из дисциплинарного батальона.
К 1883 году старая тюрьма была перестроена на 10 одиночных камер и было возведено новое двухэтажное здание на 40 заключенных. Дисциплинарный батальон был выведен из крепости, и в ней стали содержать только политических заключенных.
С 1907 года Орешек служил центральной каторжной тюрьмой (каторжным централом). Началась реконструкция старых и строительство новых корпусов. К 1911 году был закончен 4-й корпус — самое большое здание крепости, где были устроены 21 общая и 27 одиночных камер. В крепости содержались многие знаменитые политические заключённые (особенно народники и эсеры) и террористы, а также многие поляки. Некоторых приговорённых к смерти привозили в крепость для казни. Так, здесь был казнён А. И. Ульянов (брат Ленина), покушавшийся на Александра III.
Самый большой срок заключения в истории Шлиссельбурга (37 лет) имел поляк Валериан Лукасиньский.
