Южный речной вокзал несколько раз менял своё местоположение. С 1932 года он находился в Кожуховской (Южной) гавани Московско-Окского управления речного пароходства (МОУРП), расположенной на берегу Москвы-реки около деревни Кожухово, выше Перервинской плотины.
Перед войной вокзал перенесли выше по течению реки, организовав его в специально построенном деревянном здании, расположенном на месте нынешней Академии водного транспорта. В 1972 году деревянное здание передали Московскому филиалу ЛИВТа под лабораторный корпус, а Южный речной вокзал разместили на установленном поблизости на этом же правом берегу Москвы-реки дебаркадере. Следующее здание было возведено на левом берегу.